Referente a las especies ictiológicas se tienen clasificadas 226 especies arrecifales de las 875 especies listadas para el Golfo de California.4 En cuanto a las especies de coral se conocen dentro del Parque Nacional 11 de las 14 especies conocidas de coral hermatípico que también corresponden al Golfo de California.4
El área de Cabo Pulmo es importante debido a que ahí también se presentan especies que se encuentran consideradas bajo alguna categoría de protección conforme a la NOM-059- 1994.
Entre las más sobresalientes se encuentran cinco especies de tortuga marina (Carettacaretta, Chelonia agassizi, Dermochelys coriaceae, Eretmochelys imbricata, Lepidochelys olivacea) que estás bajo la categoría de “En peligro de extinción”.